Выгружать (экспортировать) из MikroTik только активные правила, исключая отключенные, вам нужно добавить дополнительное условие фильтрации в команду.

Проброс портов, работающие правила:

/ip firewall nat export where chain=dstnat and disabled=no

Проброс портов

/ip firewall nat export where chain=dstnat

Добавление

and disabled=no - говорит роутеру проигнорировать все выключенные правила при формировании скрипта выгрузки.